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闽清县卫生局是该卫生行政主管单位。全局现有职工30人，设有医政、人事、财务、办公室、卫生行政执法5个科室。主要行政职责有：贯彻落实国家卫生工作方针、政策、法规、技术标准，并组织实施；研究制订并组织实施全县卫生发展的总体规划、战略目标和重大疾病防治规则；对全县医疗单位、食品卫生、公共卫生行使监督管理权；对重大疾病及医疗质量实行监测；制订全县卫生机构区域规划及管理办法；实施医疗机构从业许可证的管理工作；负责抓好县、乡、村三级预防保健网络的管理、建设和发展，负责全县中医药工作的管理；负责实施卫技人员资格的认定和人才交流、调配等工作；负责卫技人员职业道德建设，协助各级政府做好重大事件、自然灾害的救助工作；防止和控制疾病发生和流行；指导和管理卫生行政群团组织工作，并完成县委、政府交办的其它事项等工作。
闽清县卫生局始终坚持以提供优质的医疗保健服务，保障全县人民身体健康为基本原则，各项工作取得明显成效，历年来，多次被上级政府、有关部门授予"工作先进单位"、"精神文明建设先进单位"等荣誉称号。
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